Das Museum für Naturkunde Berlin blickt auf eine lange und bewegte Geschichte zurück – es hat Höhepunkte erlebt und Krisen überstanden. Mit Sammlungen, die aus aller Welt in den letzten zwei Jahrhunderten zusammengetragen wurden, konnte es immenses Wissen generieren. Sie sind heute die Basis für die interdisziplinäre Forschungsarbeit des Museums und ein unschätzbar wertvolles Archiv unserer Erd- und Lebensgeschichte.
Das Museum ist aus drei Museen hervorgegangen, die im Jahr 1810 mit der Gründung der Berliner Friedrich-Wilhelms-Universität "Unter den Linden" entstanden sind:
- das Anatomisch-Zootomische Museum
- das Mineralogische Museum (ab 1814)
- das Zoologische Museum
Aus ihren Beständen bildete sich der Grundstock der Sammlungen, welche kontinuierlich durch Schenkungen, Ankäufe und Funde aus Expeditionen erweitert wurde. Um 1880 füllten die Sammlungen bereits zwei Drittel des Hauptgebäudes der Universität und ein neues Gebäude, das die drei Museen vereinen sollte, wurde erforderlich. Am 2. Dezember 1889 eröffnete Kaiser Wilhelm II. das neue Museum in der Invalidenstraße. Es sollte hier den Mittelpunkt eines neuen naturwissenschaftlich-technischen Instituts- und Museumszentrums bilden. Entgegen der anfänglichen Planung wurden dem Publikum nicht alle Sammlungen zugänglich gemacht, sondern es wurde eine Trennung von "Schausammlung" und "Hauptsammlung" vollzogen. Dies galt damals als revolutionär und setzte sich anschließend überall durch.
In den 1930er Jahren trafen die Saurierknochen aus der großen Tendaguru-Expedition ein und wurden im Lichthof zu Skeletten montiert. Weiteren Veränderungsbestrebungen setzte jedoch der Zweite Weltkrieg ein jähes Ende. Im Krieg wurde der Ostflügel des Gebäudes stark zerstört. Die Mehrzahl der Objekte – 75 Prozent der Sammlung – konnte jedoch in Sicherheit gebracht werden. Nach Kriegsende wurde das Museum für Naturkunde als erstes Museum in Berlin, am 16. September 1945, wiedereröffnet.
Die Sicherung der Sammlungen und die Reparatur des Gebäudes bestimmten die ersten Jahre nach dem Krieg. In den 1950er Jahren wurden in den Sälen neue Dauerausstellungen eingerichtet. Forschungsreisen wurden nach Kuba, in die Mongolei und die Sowjetunion unternommen. Besuche von Vertretern westlicher Länder blieben jedoch die Ausnahme. Nach dem Mauerfall und der Wiedervereinigung 1989/1990 wurde das Museum zunächst in den drei Instituten für Mineralogie, Paläontologie und Systematische Zoologie reorganisiert.
Es folgten Renovierungen und Modernisierungen des Gebäudes. Es wurden Dächer und Teile der Fassade saniert und neue Labortrakte geschaffen.
2006 wurde das Museum in den drei Abteilungen für Forschung, Sammlungen sowie Ausstellungen und Öffentliche Bildung reorganisiert. Im Juli 2007 konnten Dank Finanzierung der Stiftung Deutsche Kassenlotterie Berlin und der Europäischen Union (EFRE) vier Säle renoviert und mit den neuen Ausstellungen Saurierwelt, Evolution in Aktion, System Erde sowie Kosmos & Sonnensystem eröffnet werden. Aufgrund seiner überregionalen Bedeutung wurde das Museum für Naturkunde Berlin am 1. Januar 2009 per Gesetz in eine Stiftung öffentlichen Rechts überführt und als Mitglied in die Leibniz-Gemeinschaft aufgenommen.
Im September 2010 feierte das Museum für Naturkunde Berlin seinen 200. Geburtstag. Aus diesem Anlass wurde die Jubiläumsausstellung "Klasse, Ordnung, Art" gezeigt und auch der wieder aufgebaute Ostflügel, welcher die Forschungssammlungen beherbergt, eröffnet.
2012 fand eine Evaluierung des Museums als eine Maßnahme des Qualitätsmanagements in der Leibniz-Gemeinschaft statt. Zur gleichen Zeit entwickelten Museumsmitarbeiterinnen und Mitarbeiter ein Leitbild und eine Strategie für die Zukunft des Museums bis 2020. "Als exzellentes Forschungsmuseum und als innovatives Kommunikationszentrum möchten wir den gesellschaftlichen und wissenschaftlichen Dialog um die Zukunft der Erde weltweit mit zu prägen." – das ist die Vision des Museums. Mit diesem Selbstverständnis verfolgt das Museum den Ansatz des Public Understanding of Science mit dem Ziel, wissenschaftliche Inhalte einem breiten Publikum zu vermitteln. Die Ausstellungen sind heute mehr denn je Schnittstelle zwischen Wissenschaft, Forschung und Öffentlichkeit.
