Die Abteilung „Social Innovation Unit“ widmet sich den Interaktionen zwischen Wissenschaft und verschiedenen Anspruchsgruppen an den Schnittstellen zwischen verschiedenen wissenschaftlichen Disziplinen, Politik, Zivilgesellschaft und Wirtschaft. Die Abteilung fördert aktiv den Aufbau von Kooperationen und Netzwerken, bietet professionelles, bedarfsgerechtes Training und Weiterbildung im Bereich Public Engagement und fördert die Zusammenarbeit zwischen Akteursgruppen des urbanen Naturraums.

Dabei führt die Abteilung zum einen sozialwissenschaftliche Studien wie beispielsweise Netzwerkanalysen, Contentanalysen, Umfragen und Interviews durch, um die entsprechenden Dialog- und Aushandlungsprozesse an den Schnittstellen zwischen wissenschaftlichen, politischen und weiteren gesellschaftlichen Akteuren zu beforschen. Zum anderen unterstützt die Abteilung das Museum bei seinen Zielen „Erkenntnisse vermitteln“ und „Gesellschaft verändern“ aktiv, indem Informationsportale betrieben, Workshops und Veranstaltungen mit verschiedenen Formaten und Zielrichtungen durchgeführt und Mitglieder der Zivilgesellschaft in wissenschaftliche und deliberative Prozesse eingebunden werden. Mit der „Berlin School of Public Engagement and Open Science“ strebt das Museum an, mit seinen Partnern die Professionalisierung des Public Engagement in einer Vorreiterrolle national voranzutreiben. Die Abteilung Social Innovation Unit gliedert sich wie folgt: „Arbeitsgruppe Mensch-Natur-Beziehungen im Anthropozän“, „Arbeitsbereich Citizen Science und Open Science“ und „Arbeitsbereich Bildung“.